深圳港先后建成蛇口、赤灣、媽灣、東角頭、鹽田、福永、下洞、沙漁涌、內河九個港區。截止2003年底，共建成500噸級以上各類泊位136個，其中萬噸級以上泊位47個;經營性泊位86個，其中萬噸級以上經營性泊位39個;集裝箱專用泊位14個;貨主碼頭泊位9個，其中萬噸級以上泊位3個;客運輪渡泊位18個;非生產性泊位23個。形成年綜合總吞吐能力7 313.4萬噸，其中集裝箱吞吐能力495萬標準箱(含多用途泊位集裝箱能力)。
1、鹽田國際集裝箱碼頭有限公司，94年開始運營，仍在擴建中，預計2010年全面完工。全面完工后將擁有19個可靠泊萬噸專業船舶的泊位。年吞吐量可達千萬標準箱。
2、赤灣集裝箱碼頭有限公司，89年開始建設，05年完工，擁有泊位13個，均可以操作最新式的集裝箱船舶，吞吐能力在800萬標準箱左右。
3、蛇口集裝箱碼頭有限公司，90年開工建設，08年全面結束，9個泊位，年處理集裝箱6百萬標準箱。
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